Ông sinh tại một làng quê thuộc huyện Sông Cầu tỉnh Phú Yên. Cuối năm 1960, ông vào Sài Gòn học tại trường trung học Văn Lang và trường Pétrus Ký. Năm 1971, ông tốt nghiệp khoa Triết học phương Tây tại Trường Đại học Văn khoa Sài Gòn.

Suốt từ năm 1960 đến năm 1972, ông tham gia phong trào đấu tranh của học sinh sinh viên Sài Gòn-Gia Định. Năm 1972, ông bị chính quyền Việt Nam Cộng hòa bắt giam với tội danh gây rối trị an.

Sau năm 1975, Nguyễn Kim Ngân về dạy học tại Phú Yên và được phân công giảng dạy ở trường Trung học phổ thông Nguyễn Huệ, trường cấp 3 duy nhất của tỉnh Phú Yên thời bấy giờ. Về sau tỉnh xây dựng thêm một trường cấp 3 mới tại huyện Tuy An mang tên Trần Phú, ông được đưa về công tác tại đó. Ở trường mới, vì nhiều lý do, trong đó có tính khí cứ thích "đấu tranh" cho mọi việc "trắng đen rõ ràng", nên ông đã bị " đì sát ván" [1]

Năm 1980, ông chính thức được phân công làm hiệu trưởng trường cấp 2 cho đến ngày về hưu.

Ông hiện ngụ tại thôn Triều Sơn, xã Xuân Thọ 2, huyện Sông Cầu, tỉnh Phú Yên.